Il glicogeno muscolare è misurato in millimoli per chilogrammo di muscolo (mmol/kg). Una persona che segue una dieta mista normale ha dei livelli di glicogeno intorno a 80-100 mmol/kg. Gli atleti che seguono una dieta mista hanno livelli più alti, intorno a 110-130 mmol/kg37. Con una dieta chetogenica standard, e facendo solo degli esercizi aerobici, i livelli di glicogeno muscolare si mantengono intorno a 70 mmol/kg, di cui circa 50 mmol/kg nelle fibre muscolari di tipo II.  

L'ossidazione dei grassi aumenta, sia a riposo sia durante l'attività fisica aerobica intorno a 70 mmol/kg. Solitamente sotto i 40 mmol/kg la prestazione fisica è ostacolata. L'incapacità totale durante l'attività fisica si verifica a 15-25 mmol/kg. Inoltre, quando i livelli di glicogeno scendono troppo (circa 40 mmol/kg), le proteine possono essere usate in parte come fonte energetica durante l'attività fisica.

Dopo un esaurimento totale, se una persona consuma abbastanza carboidrati per un periodo di tempo sufficiente (generalmente 24-48 ore), il glicogeno muscolare raggiunge i 175 mmol/kg e oltre. Il livello di supercompensazione raggiungibile dipende dalla quantità di glicogeno esaurita.

Cioè, più in basso vengono portati i livelli di glicogeno, maggiore sarà la compensazione. Se i livelli di glicogeno si esauriscono troppo (sotto i 25 mmol/kg), la supercompensazione di glicogeno è ostacolata perché gli enzimi coinvolti nella sintesi del glicogeno sono indeboliti. Un riassunto dei livelli di glicogeno in presenza di condizioni diverse appare nella figura 1.