L'attività fisica aerobica e quella anaerobica hanno degli effetti un po' diversi sulla chetosi e vengono discussi qui.

Si sa da quasi un secolo che i chetoni raggiungono le concentrazioni più alte nel sangue dopo l'attività fisica aerobica. L'effetto complessivo dell'attività fisica aerobica al di sotto della soglia del lattato è indurre o aumentare la chetosi. Il glicogeno epatico diminuisce, l'insulina diminuisce, il glucagone aumenta e si verifica un aumento dei livelli degli acidi grassi liberi nel sangue.

Dopo il digiuno notturno l'attività fisica aerobica può indurre velocemente la chetosi. Un'ora al 65% del ritmo cardiaco massimo causa un grosso aumento dei livelli dei chetoni nel corpo ma i chetoni non contribuiscono alla produzione energetica in modo significativo. 2 ore di attività fisica al 65% del ritmo cardiaco massimo aumenteranno i livelli di chetoni fino a 3mmol dopo 3 ore. Cinque ore dopo l'attività fisica si possono raggiungere livelli alti di chetonemia (simili a quelli visti con il digiuno prolungato). 

Durante l'attività fisica ad alta intensità, si verifica la stessa situazione ormonale complessiva descritta precedentemente, ma in modo maggiore. L'adrenalina e la noradrenalina aumentano entrambe durante le attività ad alta intensità (sia durante l'allenamento a intervalli che durante quello con i pesi). Il grande aumento dell'adrenalina causa un maggiore rilascio del glicogeno epatico il che aumenta il glucosio ematico. 

Sebbene a breve termine ciò possa ostacolare la chetogenesi, è assolutamente utile per avviare la chetosi. Durante l'attività fisica l'insulina diminuisce ma può aumentare dopo l'allenamento a causa degli incrementi del glucosio nel sangue. Il glucagone aumenta favorendo anche la comparsa della chetosi. Probabilmente la differenza maggiore fra attività fisica ad alta e bassa intensità è che durante l'attività ad alta intensità il rilascio di acidi grassi liberi è inibito, a causa dell'aumento dell'acido lattico.